Margarida Marinho casou-se com Laurent Saglio, com quem mantém uma relação desde 2017. A notícia é avançada pelo site Flash! que refere que a cerimónia privada ocorreu em Paris.
Segundo a mesma publicação, a atriz e o analista financeiro farão uma segunda cerimónia em Portugal.
Margarida Marinho tem um filho, Manuel Canijo, de 26 anos, fruto da sua relação com o realizador João Canijo. É ainda mãe de Carlota, com 10, fruto da relação com o arquiteto Ricardo Zúquete.